Πρωτεύουσα και λιμάνι της Νισύρου είναι το Μανδράκι, χτισμένο στα βορειοδυτικά, στους πρόποδες λόφου.
Τα λευκά του σπίτια δημιουργούν έντονη αντίθεση με το σκούρο ηφαιστειογενές έδαφος. Αρκετά παραδοσιακά σπίτια διατηρούν την πολυχρωμία της πέτρας.
Ανατολικά της πρωτεύουσας είναι τα Λουτρά, γνωστά για τις ιαματικές τους πηγές που λειτουργούν μέχρι σήμερα.

Ανατολικά των Λουτρών βρίσκονται οι Πάλοι, γραφικό ψαροχώρι, χτισμένο σε ανοιχτό όρμο με ωραία ακρογιαλιά. Στο μικρό λιμάνι δένουν αλιευτικά και τουριστικά σκάφη.

Στο εσωτερικό του νησιού βρίσκεται ο Εμπορειός. Είναι χτισμένος σε περιοχή κατάφυτη από ελιές, οπωροφόρα δέντρα, συκιές, αμπέλια και έχει πηγή θερμού ατμού με θεραπευτικές ιδιότητες (ατμόλουτρα).

Σε υψόμετρο 400 μέτρων, με θέα τη θάλασσα, είναι σκαρφαλωμένα τα Νικιά. Τα άσπρα σπίτια τους με τα χρωματιστά πορτοπαράθυρα και τις κεραμιδένιες στέγες δένουν απόλυτα με το πράσινο που υπάρχει στην περιοχή.